Istituito grazie all’impegno dell’APME – Associazione Pro Murales Ebraici, che ha svolto fin dagli anni ’80 un intenso lavoro di promozione e recupero delle memorie, il Museo, di proprietà comunale, è stato realizzato su progetto di Luca Zevi ed inaugurato nel 2009. Già nel gennaio 2005 la Città di Nardò era stata insignita della medaglia d’oro al merito civile dal Presidente della Repubblica Carlo Azeglio Ciampi. Il Museo conserva testimonianze storiche di rilievo internazionale ed accoglie visitatori provenienti da tutto il mondo.